این مسجد ۲۳ سال پیش طی جنگهای داخلی بوسنی و صربستان به دست ملیگرایانی که در پی پاکسازی قومی ـ نژادی بودند، به کلی ویران شده بود.
بازسازی مسجد فرهادیه ۹ سال طول کشیده است. نام این مسجد از نام فرهاد پاشا حاکم عثمانی که دستور ساخت آن را داد، اخذ شده است. بسیاری از مصالح و آجرهای بازیافتی متعلق به این بنای قدیمی در تجدید ساخت آن به کار گرفته شده است.
ارتش صربستان که به قصد ویرانی تمامعیار شهرهای مسلماننشین بوسنی و از بین بردن میراث اسلامی آن، جنگ بالکان را آغاز کرده بود، ۷ ماه می ۱۹۹۳ با بولدوزر این بنا را ویران کرد و به جز پایههای سنگی چیزی از آن باقی نگذاشت. در همان شب یک مسجد قدیمی دیگر و یک قبرستان متعلق به مسلمانان ویران شد. در این جنگ بیش از ۶۰ هزار مسلمان کشته و زندانی و آواره شدند.
به رغم گذشت بیست سال از جنگی ویرانگر میان مسلمانان بوسنی، صربهای ارتدوکس و کرواتهای کاتولیک، کشور بوسنی و هرزگوین همچنان در امتداد مرزهای قومی تقسیم شده است.
گفتنی است دولت ترکیه در بازسازی این مسجد، مشارکت مالی داشته است.
